1240- 1300. O POCZĄTKACH BRANIEWA
Zanim powstało Braniewo w swojej obecnej lokalizacji, ziemie te zamieszkiwało pogańskie pruskie plemię Warmów. Pierwsi przedstawiciele Zakonu Krzyżackiego zajęli osadę pruską znajdującą się w dół Pasłęki od dzisiejszego centrum Braniewa w ok. 1240 r. Na miejscu tej osady wybudowali ziemno-drewnianą strażnicę, która przetrwała do wybuchu I powstania Prusów w 1242 r. Braniewo dwukrotnie otrzymywało prawa miejskie w 1254 i 1284 r., dlatego można stwierdzić, że walka o opanowanie terenów dzisiejszego Braniewa i okolic dla kolonizacji niemieckiej trwała ledwie kilkadziesiąt lat. Nie ma też wątpliwości, że Braniewo jest najstarszym miastem warmińskim oraz pierwszą stolicą biskupstwa warmińskiego i pierwszą siedzibą kapituły warmińskiej.
Warmowie byli jednym z pruskich plemion w początku XIII wieku zamieszkujących tereny obejmujące pobrzeże Zalewu Wiślanego od Wysoczyzny Elbląskiej po dolny bieg rzeki Świeżej, a bardziej obrazowo dzisiejsze miasta: Tolkmicko, Frombork, Braniewo, Lidzbark Warmiński oraz dolną Pasłękę, a także miasta będące obecnie na terenie obwodu kaliningradzkiego Mamonowo (Heiligenbeil) i Primorskoje (Wolittnick). W ramach plemienia występowały też niższe jednostki plemienne jak: Wewa, Plut, Medenowe, Wuntenowe i Lanzania. Nazwa Warmia wywodzi się z języka pruskiego: Varmija, Vormija, Varma co wiąże się z pruskim przymiotnikiem wormyan – czerwony. Może również oznaczać robaka, czy owada. Warmowie graniczyli z innymi plemionami pruskimi, a mianowicie: od południa z Pogezanami, od północy z Natangami, a od wschodu z Bartami. Uprawiali ziemię, hodowli zwierzęta i polowali w rozległych lasach. Szczególne znaczenie miał dla nich Zalew Wiślany, na którym zajmowali się rybołówstwem oraz handlem, choć w tym przypadku głównym pruskim ośrodkiem handlowym było Truso, osada na terenie dzisiejszego Elbląga. Oprócz tego zajmowali się rzemiosłem, tj. wyrabiali ceramikę, tkali płótno, wyprawiali skóry, a także kuli żelazo. Nie byli plemieniem wojowniczym, ale zbrojne wyprawy, czy walka nie były im obce. Osiedlali się w dość prymitywnych warowniach, których liczbę w okolicach Braniewa szacuje się na ok. 20. Jedna z nich położona na wyspie Pasłęki, kilka kilometrów od ujścia rzeki do Zalewu Wiślanego miała stać się wkrótce pierwszym Braniewem. Nie wiadomo jak długo na tej wyspie funkcjonowali Warmowie i jak wyglądała, natomiast wśród innych siedzib najbardziej znane jest grodzisko w Bogdanach nad Baudą.
Mimo podejmowanych prób podboju Prus przez Polaków, czy książąt pomorskich, akcja „ujarzmienia” plemion pruskich powiodła się dopiero Krzyżakom sprowadzonym w 1226 r. przez księcia mazowieckiego Konrada. Władca ten nadał zakonowi w 1228 r. jako lenno ziemię chełmińską, w zamian za pomoc w walce z Prusami. Krzyżacy wspierani przez krzyżowców z różnych regionów Europy, intensywnie zaczęli wypierać Prusów z ich ziem budując kolejne warownie, jak choćby Elbląg (1237). Podbój prowadzony był początkowo wzdłuż żeglownych szlaków Wisły i Nogatu, a przeciwko Warmom i Natangom, kontynuowany wzdłuż brzegów Zalewu Wiślanego do Pregoły. Jednak podbój ziemi Warmów nie był łatwą sprawą, bo na pomoc ruszyli Natangowie, Pogezanie i Bartowie. Walki toczyły się głównie wokół strategicznie położonej pruskiej osady na cyplu Zalewu Wiślanego, gdzie wzniesiono później krzyżacki zamek Bałga. Krzyżacy w 1238 r. ponieśli tam klęskę, ale w 1239 r. zdobyli ją i obsadzili swoją załogą, broniąc się przed atakami Prusów. Sytuację uratowało przybycie krzyżowców pod wodzą księcia brunszwickiego Ottona, który w 1240 r. rozbił pod Bałgą połączone siły Warmów, Natangów i Bartów. Otworzyło to drogę do dalszej ekspansji na kolejnych plemion pruskich. Dość powiedzieć, że już w 1240 r. Krzyżacy podjęli próbę opanowania Sambii i zbudowali warownię w dolnym biegu Pasłęki - w Braniewie, która miała zabezpieczać szlak z Elbląga w kierunku Bałgi. W tym czasie powstały też warownie w Krzyżborgu, Bartoszycach, Lidzbarku i Reszlu. Przy czym pamiętać trzeba, że Krzyżakom nigdy nie zależało na chrystianizacji Prusów, a przede wszystkim na zajęciu ich terytoriów. Podbój ten dosłownie odbywał się „ogniem i mieczem”, a oprócz naturalnych w takim wypadku starć zbrojnych, był głównie „świętą wojną” z poganami w imię szerzenia chrześcijaństwa. Takie hasło wiele usprawiedliwiało, toteż krew się lała i w to sposób okrutny, bo i druga, dodajmy słabsza, a na pewno gorzej zorganizowana strona nie szczędziła wroga. Jednak sama chrystianizacja sprowadzała się do mordowania Prusów i zastępowaniu ich sprowadzanymi głównie z Niemiec osadnikami. Mając wsparcie papieża Krzyżacy organizowali wyprawy krzyżowe według hasła: „Jesteś ochrzczony, bierzmuję cię mieczem”.
Pruska osada niedaleko ujścia Pasłęki do Zalewu Wiślanego istniała na długo przed krzyżackim podbojem. Wymieniona w dokumencie z 1249r. pruska miejscowość Brusebergue odnosi się do Braniewa. Nazwa Brusebergue jest zniemczoną wersją - pruskiego obozu lub pruskiej osady. Osada miała dogodne położenie, gdyż leżała przy przejściu nad Pasłęką, niedaleko jej ujścia, jednak po tej osadzie nie pozostał żaden ślad. Domniemywać należy, że pierwotna osada leżała na wyspie powstałej na Pasłęce, która co należy dodać wyglądała wówczas zupełnie inaczej niż współcześnie, gdy jest rzeką uregulowaną budowlami hydrotechnicznymi i wałami przeciwpowodziowymi. Rzeka mimo licznych zakrętów i płycizn była żeglowna dla pruskich lekkich łodzi żaglowo-wiosłowych. Osada Warmów znajdowała się niżej od Starego Miasta, prawdopodobnie na wschód od Klejnowskiej Drogi (Klenau Wege) w pobliżu ujścia strumyka Czerwony Rów (Rotwasser Graben) do Pasłęki. Przez to przejście prowadził stary szlak handlowy idący wzdłuż Zalewu Wiślanego i stąd zapewne pomysł miejscowych na zbudowanie osady w miejscu skrzyżowania szlaku lądowego i wodnego. Również Zakon Krzyżacki, dokonując w latach trzydziestych XIII wieku podboju ziem Warmów, docenił znaczenie tego miejsca, bowiem ok. 1240 r. po opanowaniu pruskiej Brusebergue założył na jej miejscu niewielki ziemno-drewniany zamek (strażnicę) ze stałą zbrojną załogą, jako bazę dla dalszej ekspansji oraz punkt osadniczy, bowiem przy nim zaczęli osiedlać się pierwsi przybysze z Niemiec. Musiało być ich na tyle dużo, że postanowiono wybudować zapewne niewielki i drewniany kościół, czyli na pewno pierwszą chrześcijańską świątynię w naszym mieście. Zameczek, był prostym dziełem obronnym składającym się z wałów ziemnych, palisady i budynku głównego dla załogi, w którym oprócz niezbędnych pomieszczeń sypialnych, kuchni i jadalni, musiała być też zgodnie z regułami zakonnymi - kaplica. Nie wiadomo, czy była w strażnicy wieża, choć takie budowle powstawały w innych miejscach. Zamek zbudowany został zapewne w obrysie dawnej fortyfikacji Warmów, co zwyczajem pragmatycznych Krzyżaków miało maksymalnie skrócić i ułatwić budowę fortyfikacji dostępnymi materiałami i siłą fizyczną. Fortyfikacja miała zabezpieczać zdobyty teren, być zalążkiem dla niemieckiego osadnictwa i miała ułatwić dalszy podbój.
Kolonizacja ziem Prusów postępowała od północy kierując się ku południowym granicom Warmii. Pierwsi niemieccy koloniści na pewno już zbudowali swoje siedziby w pobliżu krzyżackiej warowni, ale dopływ kolonistów został jednak gwałtownie zahamowany na skutek wybuchu I powstania Prusów w 1242r. Jego bezpośrednią przyczyną oprócz ucisku miejscowych ludów przez Krzyżaków, było przystąpienie do wojny z Zakonem pomorskiego księcia Świętopełka II, chcącego powstrzymać dominację braci zakonnych na graniczącym z jego ziemią terytorium. Plemiona pruskie, zaatakowały i zniszczyły wiele niedawno powstałych osad i warowni krzyżackich. Również Warmowie zdobyli i zburzyli krzyżacką warownię Brusebergue. Niestety nic nie wiadomo o przebiegu taj walki oraz losie załogi i osiedleńców, ale raczej nikt nie przeżył ataku rozwścieczonych Warmów. Powstanie doprowadziło do zniszczenia większości krzyżackich zdobyczy za wyjątkiem Elbląga i Bałgi oraz spowodowało znaczne ograniczenie aktywności Zakonu, co trwało do 1247 r. gdy to udało się odbudować część zniszczonych warowni. Średniowieczny kronikarz i członek Zakonu Krzyżackiego Piotr z Dusburga (Peter de Dusburg) opisał te wydarzenia następująco: „Zebrali się wszyscy Prusowie jak jeden mąż (…) i wkroczyli do wspomnianej ziemi z uzbrojonymi i rozwiniętymi szeregami, i wszystkich chrześcijan od dawien dawna trwających w wierze, którzy przybyli z Niemiec na pomoc ziemi pruskiej, w sposób pożałowania godny wymordowali, uprowadzając kobiety i dzieci w długotrwałą niewolę.(…) Oblegli również wszystkie zamki oprócz Bałgi i Elbląga, które, po wymordowaniu braci i chrześcijan, całkowicie zniszczyli”. (Ci niewdzięczni, biedni Prusowie nie poznali się na dobroci braci Krzyżaków i dobrych intencjach niemieckich osadników, zupełnie jak kilkaset lat później Indianie w Ameryce Północnej na dobroci „bladych twarzy”).
Mimo początkowo znacznych sukcesów, wobec przewagi Krzyżaków wspieranych przez wyprawy krzyżowe, wymęczeni walką Prusowie z Pomezanii oraz północnej Warmii i Natangii zaczęli skłaniać się do zawarcia pokoju z Zakonem. W 1248 r. pokonany Świętopełk II został zmuszony do zawarcia pokoju, z kolei Prusowie w wyniku negocjacji z udziałem legata papieskiego Jakuba z Leodium (1200-1264) zostali zmuszeni do zawarcia w dniu 7.02.1249 r. tzw. traktatu dzierzgońskiego. Traktat w zamian za zrównanie w uprawnieniach niemieckimi kolonistami, zobowiązywał Prusów do porzucenia pogańskich wierzeń, służby wojskowej dla Zakonu, płacenia dziesięciny i odbudowy 22 zniszczonych w powstaniu kościołów, z których 6 znajdowało się na Warmii. Z kolei Krzyżacy zobowiązali się do obrony Prusów (tylko przed kim?) i z tego zobowiązania nie mieli zamiaru się wcale wywiązywać. Jednak tak naprawdę traktat zmuszał Krzyżaków do zelżenia ucisku wobec ludności pruskiej. To właśnie w dokumencie wydanym w dniu 13.02.1249 r. przez wspomnianego Jakuba (późniejszy papież Urban IV – 1261-1264) po raz pierwszy wymienione jest Braniewo jako Brusebergue. Zawarty pokój spowodował, że na całym terenie zaczęto odbudowywać zniszczone zamki i osady. Również zniszczone Braniewo ze względu na korzystne położenie zostało wzięto pod uwagę, a i nie zabrakło chętnych niemieckich kolonistów. Tak więc po zawarciu układu pokojowego, Warmowie zobowiązali się do zbudowania kościoła w odbudowywanym Braniewie, z czego wynika, że musiał istnieć przed wybuchem powstania tj. ok. 1240 r. Termin ukończenia budowy był szybki, bowiem przypadał na dzień 23.05.1249 r. (Zielone Świątki), a jednocześnie trwała zapewne odbudowa Braniewa, co z kolei umożliwiło dość rychłe podjęcie dalszej akcji kolonizacyjnej. Kościół odbudowano na pewno, gdyż w wystawionym w Elblągu dokumencie z dnia 27.04.1251 r., który wytyczał granice diecezji warmińskiej, jako świadek wymieniony jest Friedrich pleban w Braniewie (Friderico in Brunesberch), czyli pierwszy znany z nazwiska braniewski proboszcz. Co niejako potwierdza też wypełnienie obietnicy złożonej przez Krzyżaków, dotyczącej wyposażenia odbudowanych kościołów i przysłania księży w ciągu 1 roku, jak również istnienie dość licznej i zorganizowanej grupy wiernych. Najprawdopodobniej do parafii należała też grupa ochrzczonych lub ponownie nawróconych Warmów, którzy mieszkali pobliżu osady na terenie późniejszego przedmieścia Koźlin (m.in. obecne ulice Morska, PCK i Portowa). Traktat dzierzgoński dobrze zabezpieczał księży takich jak Friedrich, bowiem otrzymał on 8 łanów ziemi, dziesięcinę (albo odpowiednik w zbożu), bydło i konia.
Na podbitych przez Zakon terenach na podstawie bulli papieskiej z 1243 r. wprowadzono organizację dzielącą Prusy na cztery diecezje, w tym największą z nich warmińską, z kolei każdą diecezję podzielono między biskupów (1/3 terytorium) i Krzyżaków (2/3). Zakon wprowadził organizację kościelną zabezpieczając personalnie obsadę stanowisk przez swoich ludzi. Biskupstwo warmińskie na mocy układów z 1251 i 1254 r. otrzymało środkową część Warmii, wschodnią Pogezanii, zachodnią Barcji i część Galindii. W tym drugim dokumencie z grudnia 1254 r. wydanym w Chełmnie biskup Anzelm zaznacza, że wybrał na siedzibę tę cześć diecezji, w której: „znajduje się miasto Braniewo, w którym postanowiliśmy urządzić naszą rezydencję”. Terytorium biskupstwa określano Warmią, a wokół otoczone było ziemiami należącymi do Zakonu Krzyżackiego.
Pierwszym biskupem warmińskim w dniu 28.08.1250 r. został pochodzący ze Śląska lub Czech, członek Zakonu Krzyżackiego Anzelm (1210-1278), który zorganizował diecezję, wytyczył jej granice oraz granice posiadłości biskupich. Początkowo urzędował w Elblągu, a od 1254 r. w Braniewie. Do Braniewa przed biskupem Anzelmem trafiła „mocna ekipa” kolonistów z Lubeki, z najbardziej charyzmatycznym z nich Janem Jakubem Flemingiem synem tamtejszego patrycjusza (również Jana Fleminga wymienionego w dokumentach Lubeki w 1230 i 1231 r.). Przybył on do państwa krzyżackiego jeszcze w trakcie trwania powstania tj. marcu 1246 r. wraz z grupą 9 mieszkańców Lubeki. W Toruniu w dniu 10.03.1246 r. otrzymali oni od Zakonu olbrzymie nadanie ziemi na prawie chełmińskim, albowiem było to 2500 łanów w północnej Warmii w pobliżu Brandenburga (Uszakowo). Widocznie Jan Fleming nie był zainteresowany służbą dla Zakonu, albo zniechęcony nieudanymi próbami podbicia przyznanego terenu, ale zapewne za zgodą braci zakonnych poszedł na służbę do biskupa warmińskiego. Przybył do osady Brunsberge w 1250 r. i został jej sołtysem. Lubeka od początku podboju Prus wsparła Zakon siłą żywą i finansowo, a lubeccy koloniści już podczas osiedlania Elbląga wywierali znaczący wpływ na osadnictwo podbitych terenów. Położenie Braniewa nawiązywało do wcześniejszych doświadczeń Fleminga tj. położenia zarówno Lubeki jak i Elbląga nie nad morzem, ale blisko niego na żeglownej rzece, stąd może również wybór tego miejsca. Jan Fleming musiał posiadać odpowiedni kapitał do zbudowania osady, a później miasta, na pewno była też z nim spora grupa kolonistów, a musiał również zachęcić następnych. Towarzyszyli mu lub przybyli nieco później jego bracia Gerhard Fleming, późniejszy wójt biskupi i sołtys Fromborka oraz Albert Fleming, późniejszy sołtys Bażyn i protoplasta rodu Baysen-Bażyńscy. Dołączył ok. 1254 r. ściągnięty przez Jana Fleminga jedyny wśród nich duchowny Henryk Fleming (1230-1300), późniejszy II biskup warmiński w latach 1279-1300. Do Braniewa przybyła też siostra Walpurgis Fleming z mężem Konradem Wendepfaffe późniejszym zarządcą Ełdyt. Można powiedzieć, że był to ich „rodzinny interes”. Do tych pierwszych osadników, który wraz z Janem Flemingiem dotarł do Prus w 1246 r. należał też Werner von Quedlinburg, późniejszy założyciel Rogit. Pierwsi koloniści podjęli duże ryzyko osiedlenia się miejscu, które jak się miało wkrótce okazać, nie zostało całkowicie opanowane przez Zakon. Niemniej pochodząca z Lubeki rodzina Fleming (był to zniemczony szlachecki ród flamandzki) wykorzystała okazję powiększenia swojej fortuny na nowo zdobytych terenach z większym zapewne sukcesem niż miałoby to miejsce w ich dawnej Ojczyźnie. Flemingowie oraz spokrewnione z nimi rodziny Padeluch i von Ulsen odegrały kluczową rolę kolonizowaniu Warmii.
Biskup warmiński Anzelm nie próżnował w Braniewie, bowiem był już na tyle silny, że w 1255 r. wziął udział w wielkiej wyprawie krzyżowej na Sambię prowadzonej przez króla Czech Przemysława Ottokara II, która zmusiła Sambów do uległości. Jak głosi legenda w 1258 r. w Świętej Siekierce (Heiligenbeil, Mamonowo) w ramach krzewienia wiary kazał ściąć ogromny dąb, pod którym Warmowie oddawali cześć pogańskiemu bożkowi Kurke (Kurchus). Tej legendy dotyczy opis Hartknocha: „Gdy Krzyżacy zawładali tem miejscem, Biskup Anzelm, kazał zniszczyć świątynię Kurcha i ściąć dąb święty; wówczas człowiek jeden z rąbiących drzewo, mocno się obraził siekierą. Prusowie, biorąc to za pomstę boga, ową siekierę ubóstwili i cześć jej wyrządzać poczęli, na ruinach dawnej świątyni. Krzyżacy nie prędko potem założywszy tam twierdzę, nazwali od tej czci nowej, pod której mianem to miejsce było znajome”. Miało być jeszcze ciekawej, bo po tym wypadku nie było chętnych do ścinania dębu, wobec czego sam Anzelm chwycił za siekierę, a i bez podpalenia drzewa się nie obeszło. Siekierę zachowali miejscowi, a znalazła się ona i w nazwie i w herbie tego nieodległego od Braniewa miasta, które jednak lokowano dopiero w 1301 r. W tym samym 1258 r. Anzelm był sędzią w sporze pomiędzy biskupem sambijskim Heinrichem i wicemistrzem krajowym Gerhardem.
Osada musiała się szybko rozwijać, gdyż to właśnie ją pierwszy biskup warmiński Anzelm obrał na swoją siedzibę i stolicę diecezji, planując jednocześnie zbudowanie katedry. Zapewne z powodu zamożności i rozmiarów, ale też dla podniesienia własnego znaczenia postanowił nadać osadzie prawa miejskie na prawie lubeckim (Lūbische Recht), co miało miejsce wcześniej od powszechnie przyjętej daty 27.12.1254 r. Anzelm w dokumencie lokacyjnym wymienił civitas de Brunisburg, jako miejsce gdzie zamierzał wybudować katedrę, uzasadniając to znacznym wzrostem liczby kościołów w dominium i potrzebą wybudowania dla nich kościoła-matki. Katedra pod wezwaniem św. Andrzeja została erygowana w lipcu 1260 r. wraz z kapitułą składającą się z 16 kanoników. Razem z osadą budowany był drewniany zamek będący siedzibą biskupa. Zgodnie z panującym obyczajem pozostawiono pruską nazwę osady, ale zgodnie z dialektem niemieckim przekształcono dotychczasową Brusebergue na Brunsberg. Nie nastąpiło to zapewne od razu, bowiem choć nowa nazwa wymieniana jest w kronice Krzyżaka Piotra z Dusburga i spisanej przez Cystersów Kronice Oliwskiej Starszej, to jednak powstały one w XIV w., a więc podawały nazwę już wówczas obowiązującą.Jednak można przyjąć, że nowa nazwa Brunsberg występowała najprawdopodobniej od 1249 r. Wielu zwolenników ma łączenie nazwy Brunsberg z imieniem biskupa ołomunieckiego Brunona, który erygował na Morawach miasto Bransberg, ale nastąpiło to znacznie później bo w 1269 r., dlatego należy to uznać za nieporozumienie.
Inicjatorem lokacji Braniewa był Jan Fleming pierwszy sołtys Braniewa. Tak to opisał średniowieczny kronikarz Piotr z Dusburga: „Pan i brat Anzelm z zakonu domu niemieckiego, biskup warmiński, wybudował zamek i miasto Braniewo na owej wyspie w dolnym biegu rzeki Pasłęki, zaledwie na dwa rzuty kamieniem od miejsca, gdzie obecnie są położone”. Zamek i miasto wybudowano na wyspie rzeki Pasłęki, ale owych dwóch rzutów kamieniem nie można traktować dosłownie, a potwierdzają jedynie późniejsze przeniesienie miasta w górę rzeki. Położenie miasta było takie same jak w pierwszej z 1240 r., tj. na wyspie leżącej w miejscu, gdzie Czerwony Rów wpadał do nieuregulowanej wówczas Pasłęki, nieco poniżej obecnego kościoła św. Krzyża. Wybór wydawał się wówczas naturalny, gdyż podwyższenie terenu chroniło od ewentualnych powodzi, a obiegająca wyspę rzeka stanowiła naturalną przeszkodę przed ewentualnym atakiem. Dodatkowo musiała funkcjonować namiastka portu – rzeczna przystań. Przez pierwsze kilka lat zameczek i miasto musiały mieć już znaczne rozmiary, zapewne otoczone były drewnianą palisadą, a grupa osadników okrzepła i zżyła się z sobą. Jednak pierwsze Braniewo przetrwało zaledwie około 10 lat – aż do wybuchu II powstania pruskiego, które prężnie rozwijające się miasto zmiotło z powierzchni ziemi. Założenie więc nad rzeką Pasłęką pierwszego zamku i miasta Braniewa było nieudane, bowiem powstanie doprowadziło do zniszczenia rozwijającej się prężnie osady miejskiej.
Zbuntowały się ponownie plemiona pruskie, które poznały już dobrze przeciwnika, miały też wybitnych wodzów i ponownie z początkowym sukcesem podjęły walkę z Krzyżakami. Tak samo jak podczas powstania z lat 1242-1249, przyczyną wybuchu powstania był ucisk, daniny i robocizna nakładane na Prusów przez Krzyżaków wbrew postanowieniom z Dzierzgonia z 1249 r. Iskrą, która zainicjował powstanie było podstępne spalenie 19 członków pruskiej starszyzny przez wójta krzyżackiego brata Volrada Mirabilis oraz militarna klęska wojsk Zakonu w bitwie pod Durbe w dniu 13.07.1260 r. zadana przez Żmudzinów i Litwinów. Pamiętać trzeba, że napływ kolonistów dotyczył terenu podbitego, ale nie pogodzonego z tym podbojem, więc zbrojny opór Prusów wydaje się naturalny. Natomiast ludność pruska pamiętała jeszcze czasy wolności przed przybyciem Krzyżaków i miała dość ciągłych obciążeń. Co prawda Krzyżacy spodziewali się wybuchu powstania pruskiego, natomiast próbując nieudolnie spacyfikować przygotowania, w dużej części przyczynili się do jego sprowokowania. Nie należy zapominać również o tym, że przez Krzyżacy od dawna dążyli do likwidacji plemion pruskich, budując jednocześnie nowe państwo na podbitym terenie.
W dniu 20.09.1260 r. Prusowie jednocześnie uderzyli na prawie wszystkie mniejsze zamki i osady niszcząc je oraz zabijając i niewoląc wielu zbrojnych i kolonistów. Uwolnili przy tym znaczne terytoria od obecności terroryzujących okolicę zbrojnych krzyżackich, a rozmach powstania zaskoczył Zakon i omal nie doprowadził do całkowitego zniszczenia państwa krzyżackiego. Przy czym w pierwszym ataku padły głownie małe strażnice, osady kolonistów niemieckich i wiernych krzyżakom Prusów. Większe zamki jak Braniewo, Lidzbark, Reszel, czy Bartoszyce upadły po odcięciu zaopatrzenia, wzięciu głodem lub opuszczeniu przez załogi. W tej sytuacji zbędna wydaje się egzorta papieża Aleksandra IV wydana w Rzymie z datą 11.01.1261 r. nakazująca interwencję przeciw zbuntowanym Prusom, utrudniającym dzieło nawracania oraz pomoc braciom i krzyżowcom, którzy w walce o wiarę stracili już 500 braci. Jak widać z daleka trudno było właściwie ocenić sytuację, bowiem powrót na utracone tereny zajmie biskupowi i zakonowi kilkanaście lat.
Zbuntowanych Warmów poprowadził wybrany przez nich wódź Glappo, który po zdobyciu opuszczonego przez załogę Lidzbarka, zapewne wczesną zimą 1261 r. uderzył na Braniewo. Do Warmów dołączyli Pomezanie pod wodzą Auctume i wspólnie prowadzili oblężenie. Braniewscy koloniści wraz z oddziałem krzyżackim zamknęli się w warowni, jednak nie wiadomo kto dowodził obroną miasta. Być może sam biskup Anzelm, który będąc od 1245 r. członkiem Zakonu N.M. Panny, miał doświadczenie wojskowe i brał udział w wyprawie krzyżowej przeciw Sambom. Mógł to być również sołtys Jan Fleming, który jeszcze w 1246 r. zobowiązał się do służby wojskowej dla Zakonu. Kronikarz Piotr z Dusburga opisał początek walk obrońców Brunsberga z Warmami następująco: „W pierwszym roku drugiego odstępstwa od wiary oblegli je Prusowie wraz z wielkim wojskiem i wytrwale zdobywali przez jeden dzień. Stawili im opór mieszczanie i załoga zamku, którzy bronili się mężnie, zaś te miejsca, które mogły posłużyć wrogom jako przejścia do zamku i miasta, zagrodzili wozami, furgonami i innymi drewnianymi przedmiotami. W tej walce po każdej stronie było wielu rannych a niektórzy stracili życie”. Prusowie postanowili odstąpić, lecz wtedy obrońcy wysłali 40 zbrojnych z załogi zamku po żywność i drewno. Jednak w przygotowanej zasadzce wszyscy zostali wybici przez Prusów. Reszta obrońców wobec zagrożenia zdobyciem grodu przez powstańców i nie czekając na nowy atak, przed którym mogliby się nie obronić, a także nie licząc na pomoc z zewnątrz, postanawia w pośpiechu opuścić warownię. Podpalają zamek i miasto, a w nim dopiero co budowaną katedrę, po czym wraz z służbą i resztkami dobytku, który zdołali unieść ruszają w kierunku Elbląga. Glappo nie posiadając wystarczającej ilości wojów do obsadzenia Braniewa, doszczętnie niszczy miasto i warownię, po czym bezpiecznie wycofuje się. Braniewianie podczas ucieczki napotykają oddział 60 zbrojnych przysłanych z odsieczą z Elbląga, którzy na wieść o tym, że zamek i miasto spłonęły razem z nimi zawrócili do Elbląga. Zdobycie grodu przez Prusów przedstawia też inny XIX wieczny opis: „Prusacy, podbici niedawno, niechętnie znosili obcych niewolę i r. 1261 w ogólnem powstaniu zniósłszy wojsko krzyżaków, rzucili się na miasto i zamek przez tychże wystawiony. Wtenczas to dobywając Brunsberga wszelkiemi sposobami przez dni ośm, gdy w otwartym boju niczego dokazać nie mogli, użyli fortelu i skryli się w lasach, czem ubiezpieczeni krzyżacy wyszli z końmi na paszę. Nieprzyjaciel napadł wtedy na nich, a krzyżacy, przerażeni na nowo rozpoczętem oblężeniem, zapalili twierdzę razem z miastem i sami z biskupem Anzelmem potajemnie ujechali do Elbląga”. Odtąd Elbląg został siedzibą biskupa i kapituły, ale przede wszystkim Braniewian, którzy przez kilkanaście lat przebywali tam zwartą grupą, jako samodzielna gmina z sołtysem Janem Flemingiem i własnym proboszczem.
W pierwszej fazie powstania plemiona pruskie zajęły i zniszczyły prawie wszystkie siedziby krzyżackie z wyjątkiem Elbląga i Bałgi oraz broniących się do 1263 r. Bartoszyc. Powstanie trwa kilkanaście lat, a Glappo niszczy w 1266 r. zamek krzyżacki Brandenburg, który zostaje odbudowany przez margrabiego Ottona III. W 1273 r. Glappo ponownie próbuje oblegać ten zamek, jednak po nadejściu odsieczy z Królewca, zdradzony przez niejakiego Stejnowa, został schwytany i po torturach stracony przez Krzyżaków na wzgórzu nazwanym później Glappenberg. Z kolei Auctume bez powodzenia oblegał Elbląg i zginął w walce. Braniewianie zapewne czynnie uczestniczyli w obronie Elbląga oblężonego przez Pogezan dowodzonych przez nowego wodza Linka. Początkowo powstańcy odnosili sukcesy głównie dzięki zdolnym wodzom, dobrej organizacji, wsparciu Litwinów, ale również braku wsparcia dla zakonu przez wyprawy krzyżowe. Od 1265 r. zakon zaczyna odzyskiwać utracone terytoria dzięki krzyżowcom, ale również przekupstwom możnych pruskich. Do 1274 r. pobili najpierw Sambów, a następnie Warmów, Natangów i Bartów. Zginęli wybitni wodzowie pruscy, jak: Dziwan, Glappo, czy Hercus Monte. Ostatnie walki trwały jeszcze w 1277 r., ale nie miały większego znaczenia.
Wybuch wielkiego powstania unieważnił postanowienia traktatu dzierzgońskiego z 1249 r., dlatego Zakon miał wolną rękę w postępowaniu z okiełznaną ludnością pruską. Po prostu możni Prusowie, którzy się poddali dobrowolnie lub nie uczestniczyli w powstaniu, otrzymali majątki i wolność, tworząc uprzywilejowaną grupę tzw. wolnych pruskich. Jednak większość podbitej ludności pruskiej pozbawiona została wolności i praw, tworząc warstwę poddanych chłopów lub niewolników. Wprowadzono zakaz osiedlania się Prusów w miastach, a na wsiach obowiązywało ich prawo pruskie, według którego mogli zakładać wsie służebne. Tereny były znacznie wyludnione, dlatego Prusów, którzy przyjęli chrzest i nie uczestniczyli w powstaniach pozostawiano w ich rodzinnych lauksach (najmniejsza pruska jednostka osadnicza plemion pruskich), natomiast w opuszczonych gospodarstwach osadzano Prusów z innych prowincji.
Biskup Anzelm jeszcze w marcu 1261 r. będąc w Toruniu mianuje członka zakonu, pruskiego mistrza krajowego Harmunda von Grumbach (?-1263), pierwszym wójtem krajowym, czyli de facto dowódcą warmińskich sił zbrojnych i zastępcą do spraw świeckich. W sprawach kościelnych zastępować miał go elbląski proboszcz Harwich. Z Torunia biskup Anzelm wyruszył w podróż na Śląsk i Czechy, co wiązało się z mianowaniem go przez papieża Urbana IV legatem papieskim dla metropolii gnieźnieńskiej, ryskiej, salzburskiej oraz Czech i Moraw. W latach 1261-1265 biskup Anzelm przebywał we Wrocławiu, gdzie zajmował się bieżącymi sprawami kościelnymi oraz wznowił tzw. statuty wrocławskie wydane dla Polski w 1248 r. przez ówczesnego legata, a obecnie papieża Urbana IV. O swojej siedzibie nie zapomniał, bowiem w dniu 27.01.1264 r. ponownie zapowiedział, że stolicą diecezji będzie Braniewo, wznowił akt założycielski katedry i kapituły warmińskiej, co potwierdzili biskupi chełmiński i kwidzyński. W dniu 28.02.1269 r. w czeskiej Opawie otrzymuje od brata Helmutha komtura Zakonu w Czechach dożywotnio wieś Reichenbach w diecezji wrocławskiej, który ponadto zobowiązuje się zapłacić 100 srebrnych marek na budowę katedry na Warmii. Mijające lata sprawiły jednak, że Anzelm zaczął powątpiewać w możliwość odbudowy miasta, o czym świadczy napisany ok. 1274-1275 r. list do marszałka Zakonu Krzyżackiego Konrada von Thierberg Młodszego (?-1289), w którym prosił, aby do rodziny udało się dwóch braci zakonnych, aby w jego imieniu zarządzili dobrami Anzelma: „Połowę należnych mi tam niech sprzedadzą i hojnie obdzielą moich domowników. To co pozostanie, niech przywiozą do Prus i przeznaczą na odbudowę miasta Braniewa. Jeśli taka będzie zgodna decyzja braci zakonnych, sołtysa i ludzi wspomnianego miasta, aby utworzyć za radą plebana fundację mszalną w celu przebłagania Boga za nasze grzechy, niech tak się stanie, chociaż osobiście uważam, że nie należy tego czynić, bowiem ludzie tak bardzo pragną powrócić na dawne miejsce i po moim zejściu z tego świata wpadną w desperację i zapewne wielu, którzy pozostawili swoje rodzinne strony i losy związali z tym miastem, gdy mnie zabraknie, odejdzie żałując pierwszej decyzji”. Biskup nie zapomniał też o pieniądzach: „Proszę zachować i dobrze strzec wszelkie daniny od naszych w Reichenbach, ponadto owe 100 grzywien należne mi od braci zakonnych i zawartość skrzyni. W stosownym czasie, gdy się Bogu spodoba, należy to wiernie przekazać wspomnianemu miastu…” Na szczęście koloniści byli wytrwali, ale też środki uzyskane od biskupa były niezbędne. Zdaje się, ze Krzyżacy obietnicy dotrzymali bowiem w dniu 14.07.1282 r. na zamku w Elblągu, biskup Henryk Fleming dziękował Zakonowi za pomoc kościołowi warmińskiemu ze wsi Reichenbach.
Po stłumieniu II powstania Prusów w 1273r. braniewscy koloniści natychmiast, gdy zrobiło się w miarę bezpiecznie powrócili z Elbląga do Braniewa, próbując odbudować miasto na nowo. Niewiele pewnie zdołali odbudować, gdyż w 1277r. podczas kolejnego powstania pruskiego (1275-1283) podnoszone z ruin Braniewo ponownie zostało zniszczone, przez Warmów lub jedną z odwetowych wypraw Jaćwingów. Ponieważ to powstanie miało ograniczony zasięg i szybko upadło, wnet mieszkańcy jeszcze raz powrócili. Nastąpiła ponowna lokacja Braniewa. Jeszcze w 1274 r. Jan Fleming podjął pierwsze przygotowania wyruszając do rodzinnej Lubeki w celu pozyskania kapitału i nowych kolonistów. W kronice Detmara z Lubeki (Detmar von Lübeck ?-1395) jest wzmianka datowana 1276 r. mówiąca o budowie miasta Brunsberghe i oznacza datę, gdy koloniści z Dolnej Saksonii wyruszyli do Braniewa. Nie powrócił już do miasta biskup Anzelm, choć na pewno miał interes w odbudowaniu Braniewa. Zmarł w 1278 r. i został pochowany w Elblągu w kaplicy św. Anny na elbląskim zamku zburzonym w 1454 r.
W 1278 r. nowym biskupem warmińskim został blisko związany z biskupem Anzelmem a przebywający wówczas na Morawach Henryk Fleming (1278-1300). Został wybrany przez kapitułę warmińską i zatwierdzony przez papieża Mikołaja III, ale na Warmię przybył dopiero w lecie 1282 r. Henryk Fleming przybył do Prus jeszcze w 1254 r., był członkiem kapituły, a w czasie powstania Prusów przebywał w Austrii. Po wyborze na biskupa warmińskiego w latach 1278-1282 przebywał w Rzymie, na Morawach i Śląsku i zapewne Dolnych Niemczech, gdzie zajął się diecezją w swojej dawnej Ojczyźnie. Dlatego przed powrotem do diecezji powierzył proboszczowi Elbląga Gotfriedowi oraz swojemu bratu Janowi Flemingowi mianowanemu dziedzicznym sołtysem, reprezentowanie go w sprawach odpowiednio duchownych i świeckich. Dodać należy, że fakt objęcia biskupstwa przez syna patrycjusza z Lubeki musiał być sporą zachętą dla kolejnych kolonistów z Lubeki i innych części Niemiec (Meklemburgia, Holsztyn).
Lokatorem miasta był ponownie Jan Jakub Fleming i to on zapewne nauczony doświadczeniem wybrał nową, bardziej obronną lokalizację dla miasta i zamku. Można powiedzieć, że biskup Henryk Fleming latem 1282 r. dotarł do Braniewa „na gotowe”, bowiem jego brat już od 1278 r. ciężką pracą zadbał o powstanie miasta i budowę zamku będącego odtąd siedzibą biskupów warmińskich. W 1279 r. po raz pierwszy Braniewo wymienione jest jako civitas, co wskazuje na posiadanie praw miejskich, jednak z powodu nie zachowania się aktu nadania praw miejskich powszechnie przyjmuje się późniejszą datę 1.04.1284 r. potwierdzającą ich nadanie.Wcześniej bo jeszcze w 1277 r. biskup Anzelm uznał za konieczne odtworzenie kapituły warmińskiej, lecz nie zdążył tego dokonać. Zadanie to spoczęło więc na jego następcy biskupie Henryku Flemingu, który w 1279 r. powołał ją na nowo osadzając we Fromborku, gdzie wkrótce przystąpiono do budowy katedry.
Miasto i zamek zostały odbudowane na nowym obecnym miejscu, nieco w górę Pasłęki. Złożyło się na to kilka powodów: poprzednie miejsce dwukrotnie nie przetrwało ataku, a więc jego obrona była szczególnie trudna i co niebagatelne wyspa zagrożona była powodziami. Oddajmy ponownie głos Piotrowi z Dusburga: „… w roku Pańskim 1279, biskup warmiński Henryk założył miasto i zamek w tym miejscu, gdzie leżą one obecnie, Tenże biskup, gdy na samym początku po swoich święceniach objął swoje biskupstwo, otrzymał z tytułu rocznych dochodów ze swojej całej diecezji, z pełnego młyna, tylko jedną grzywnę”. Tak więc obecne usytuowanie Braniewa i zamku jest wtórne, a do budowy zamku wybrano najwyższe wzniesienie starego zakola Pasłęki. Budowa miasta i zamku była ogromnym przedsięwzięciem organizacyjnym i budowlanym. W celu poprawy warunków obronnych na pewno trzeba było przetransportować ogromne masy ziemi, uregulować rzekę i zbudować przystań, a oprócz budowanego zamku, musiały powstać domy mieszkalne, kościół i inne niezbędne do funkcjonowania obiekty. Pracowali ciężko niemieccy koloniści, ale również pokonani Prusowie, którzy nie tylko musieli świadczyć pracę, ale również próbowali odnaleźć się w nowej sytuacji. Zadbano też o obronność i wzniesiono w latach 1279-1284 wokół całego miasta wał drewniano-ziemny, choć pierwsza wzmianka o istniejących palisadach pochodzi z 1300 r. Jeszcze w XIII w. miasto został całkowicie otoczone wodą, bowiem przekopany pozostały odcinek zakola rzeki w następstwie czego dawne zakole stało się fosą, a przekopany odcinek nowym korytem rzeki. Możemy sobie tylko wyobrazić jakim wyzwaniem organizacyjnym i logistycznym dla ówczesnych Braniewian, były tego typu przedsięwzięcia.
Wobec widocznych postępów rozwoju Braniewa w 1284r. biskup Henryk I Fleming potwierdził przyznany zapewne wcześniej pełny przywilej prawa lubeckiego postanawiając: „ukochanym naszym mieszczanom, ich prawnym dziedzicom i spadkobiercom, za radą i zgoda kapituły, nadaliśmy wieczyście i na zawsze, na prawie lubeckim, czyli tym, które jest używane w mieście Lubeka, wszystkie łany, które są albo być mogą w obrębie granic tegoż miasta(…) przekazujemy ponadto dziedziczne uprawnienia sądowe w mieście(…) nadajemy i udzielamy wspomnianym mieszczanom i miast pełnię praw lubeckich, w zupełności i bez restrykcji mogą organizować targi w dniach dogodnych sobie i najbliższej okolicy. Swoje posesje dziedziczne, z wyjątkiem lennych, mogą sprzedawać, kupować, zamieniać, darować, scedować bez pytania nas o zgodę, ale uczynią to przed sędzią i dziedzicznym urzędem sędziowskim miasta. Mogą też dowolnie, stosownie do uznania, nie pytając nas o pozwolenie, ustanawiać lub zwalniać sołtysa, ławnika, radnych i starszych…”. Księga praw podarowana przez Lubekę dotarła do Braniewa w 1287 r. początkowo na liczący 67 lat okres próbny, a potem na stałe.
Była to szeroka autonomia, niespotykana w innych miastach Warmii i rzadka w krzyżackich Prusach, a sam przywilej przyznawał miastu rozległe terytorium liczące 328 łanów, położone po obu stronach Pasłęki, szeroki samorząd i sądownictwo oraz prawo rybołówstwa w Pasłęce i na Zalewie Wiślanym. Biskup zastrzegał dla siebie jedynie czynsz z terytorium miejskiego i udział w opłatach sądowych. Te szerokie przywileje będące wyjątkowe na Warmii, były nagrodą za dotychczasowe dokonania kolonistów, przyczyniły się też do szybkiego rozwoju i bogactwa miasta, ale też w przyszłości będą przyczyną konfliktów pomiędzy mieszczanami i kolejnymi biskupami. Nasuwa się pytanie na ile przywileje miały związek z rodzinnymi koligacjami, gdyż pamiętać trzeba, że brat biskupa był już dziedzicznym: sołtysem i sędzią. W tym samym roku uposażono parafię św. Katarzyny, której nadano 6 łanów ziemi zwolnionej z czynszu za Młynem Wikieleckim (wymieniony w 1294 r. najstarszy młyn zwany wówczas Młynem Arnolda) w stronę Fromborka. Proboszczem w latach 1287-1301 był Eberhard z Nysy (1250-1326), który jeszcze w 1280 r. pojawił się na dworze biskupa, a od 1284 r. był notariuszem przy biskupie Flemingu, jakiś czas później bo w latach 1301-1326 będzie III biskupem warmińskim.
Biskup dla umocnienia swej władzy potrzebował zamku jako siedziby i ogniwa struktury obronnej. Kolejni biskupi zagospodarowywali podległe tereny, prowadząc akcje osiedleńczą, zakładając miasta i wsie, stawiając kościoły. Jednak najważniejszym fundamentem władzy biskupiej był zamek. Dlatego biskup Fleming polecił w 1280 r. budowę murowanego zamku biskupiego położonego w południowej części miasta na najwyższym wzniesieniu lewego brzegu i w zakolu rzeki Pasłęki. Był to powszechny wówczas zwyczaj budowania zamku obok istniejących obronnych założeń drewniano-ziemnych, na miejscu których później powstawały przedzamcza. Pierwsza wzmianka o budowie zamku (castro Brunsberg) pochodzi z roku 1282r. Początkowo był to zapewne zalążek zamku, a raczej umocniona rezydencja. Budowano go do ok. 1300 r. Powstał wówczas czworobok murów na lewym brzegu Pasłęki. Do południowej kurtyny dobudowano dom mieszkalny, przy pozostałych wzniesiono budynki gospodarcze. Wjazd na zamek umiejscowiono w kurtynie wschodniej. W jej centralnej części wzniesiona została kwadratowa wieża bramna. Na początku budowy zamku murowanego w Braniewie biskupi wykorzystywali okresowo na swoją siedzibę niewielki zamek drewniano-ziemny w Gronkowie/Bemowiźnie (Grunenberg), wzniesiony na terenie dawnego grodu pruskiego. Był położony 6 km na południe od Braniewa na stromym, prawym brzegu i w zakolu rzeki Pasłęki. Powstał z inicjatywy biskupa Henryka Fleminga ok. 1300 roku, a możliwe że zbudował go kolejny biskup Eberhard z Nysy w 1301r. Z tego miejsca biskup zarządzał biskupstwem i nadzorował rozbudowę zamku korzystając zapewne z komunikacji rzeką Pasłęką.
Podbój Prus prze Krzyżaków osiągnięty został wcale nie dzięki potędze militarnej Zakonu, ale głównie poprzez napływ zewnętrznych ogromnych środków finansowych, dzięki którym organizowali zbrojnych, budowali twierdze, ale również przekupywali możnych Prusów. Dodać należy, ze w początkowym okresie 1240-1277 tj. ciągłych walk z plemionami pruskimi kolonizacja podbitych terenów była niewielka, a większość powstałych ośrodków nie przetrwało tego okresu. Dopiero wraz z upadkiem ostatniego powstania Prusów nastąpiła już nieograniczona kolonizacja podbitego przez Krzyżaków terytorium. Jednak to założenie Braniewa dało solidną bazę do prowadzenia akcji osiedleńczej na Warmii na dużą skalę, gdyż miasto i zamek stanowiły bezpieczną bazę na wypadek jakiegokolwiek niebezpieczeństwa. Powstają kolejne miasta, zamki i wsie oraz przybywają liczni koloniści, zmieniając ziemię pruską na zawsze. Na terytorium Warmii kolonizację organizowali kolejni biskupi warmińscy zaczynając jeszcze ok. 1260 r., jednak właśnie powstania spowodowały jej przesunięcie po 1278 r. Następuje napływ ludności niemieckojęzycznej, ale też z terenów Polski i co niebagatelne również pozostali przy życiu Warmowie przystosowują się do nowej sytuacji stając się poddanymi biskupów. Co prawda biskup Henryk Fleming był nieobecny na Warmii w latach 1278-1282, ale później rozpoczął potężną pracę osiedleńczą, przyznając liczne nadania ziemskie na prawie chełmińskim. To za jego panowania w okolicach Braniewa powstało wiele służebnych majątków, które następnie zostały wsiami. Były to: w 1282 r. Perwilty, lokowane w 1284 r. Pajtuny, Posady, Kiersiny, Dąbrowa i Szyleny, czy nieco później bo w 1289 r. Bażyny i Osetnik. W 1296 r. biskup Fleming lokował Chruściel, Piórkowo, Wielewo oraz w 1297 r. Krzywiec, Kurowo, Trąby, Pierzchały i Wielkie Wierzno. W 1298 r. lokowane jest Błudowo. Łącznie biskup Henryk wydał 37 takich nadań. Powstają też choć nieco później nowe miasta. Lokowany ok. 1278 r. Frombork, dopiero w 1310 r. otrzymał lubeckie prawa miejskie, a mieściła się tam już kapituła warmińska i wybudowana w 1284 r. drewniana katedra. Kolejnym miastem warmińskim zostało Pieniężno wzmiankowane pierwszy raz w 1282 r., ale z prawem chełmińskim nadanym przez kapitułę w 1312 r. W tym samym mniej więcej czasie miastem na prawie chełmińskim zostaje Orneta.
Początkowo liczba kolonistów musiała być zbyt mała do zakładania wsi, dlatego pierwsi osadnicy musieli otrzymywać stosunkowo wysokie nadania dla zachęcenia następnych. Biskupowi doradzał w tym zakresie wójt biskupi, który znał kraj i sytuację. Braniewo było dla nowoprzybyłych punktem zbornymi i wyjściowym. Nowe wsie zakładali przedsiębiorczy ludzie tzw. lokatorzy, którzy otrzymywali od biskupa ziemię i tam osadzali chłopów, a następnie zawierali z biskupem umowę tzw. przywilej lokacyjny (Handfeste). Nie było dróg, więc o przebiegu kolonizacji decydowała pora roku: zima lub lato, gdy łatwiej można było pokonywać podmokłe tereny. Koloniści wyruszali do wybranych miejsc w towarzystwie biskupich urzędników: wójta, komornika, geodety, tłumacza i co niebagatelne uzbrojonej konnej eskorty, bowiem czasy były nadal niepewne i nagły napad nie był wykluczony. Na wyznaczonym miejscu ustalano szczegóły, wyznaczano liczbę łanów, ustalano granice, itd. Następnie wracano do zamku biskupiego w Braniewie, gdzie w obecności szanowanych braniewskich obywateli dokonywano uroczystego podpisania przywileju lokacyjnego, który podpisywali świadkowie, a biskup osobiście zatwierdzał swoją pieczęcią. Z 37 nadań biskupa Fleminga tylko 15 wystawionych jest w Braniewie, a na 20 nie ma miejsca wystawienia, ale są nazwiska świadków z Braniewa, co wskazuje że również miały miejsce w stolicy.
Prawo chełmińskie oprócz gwarantowanych przywilejów, jak wolność osobista, samorząd, a także dziedziczenie dzierżawionej ziemi, nakładało na dzierżawcę ziemi obowiązki wobec suwerena, jak płużne (niewielki czynsz w zbożu), podatki pieniężne tj. czynsz rekognicyjny (symboliczny podatek, np. wosk i 6 denarów chełmińskich), dziesięcina, ale przede wszystkim obowiązek służby wojskowej uzależniony od wielkości nadania. Każdy właściciel, który otrzymał 40 i więcej łanów zobowiązany był do służby w ciężkiej konnicy tzn. w zbroi i z bojowym rumakiem oraz pocztem złożonym z 2 konnych. Posiadający mniej ziemi służyli jako lekka jazda (wyposażeni w lekka zbroję oraz tarczę i włócznię). Obowiązek dotyczył tylko służby dla biskupa warmińskiego i obrony dominium oraz ochrony robotników budujących nowe fortyfikacje dla suwerena. I to właśnie właściciele wsi stanowili trzon siły zbrojnej biskupa. Dodatkowo ponosili koszty utrzymania załóg chroniących granice rozrastającego się dominium, tzw. zboże skalowskie. Właścicielem ziemi pozostawał biskup. W dużej części lokatorami byli przybyli osadnicy z Niemiec, ale byli również wśród nich Prusowie, którzy otrzymali nadania na prawie chełmińskim, ale częściej na prawie pruskim (różnica do prawa chełmińskiego polegała na możliwości dziedziczenia tylko przez męskich spadkobierców w linii prostej). Tak było zapewne w przypadku Warmów o imionach Wargin i Napergann, którzy za wierną służbę otrzymali przywilej lokacyjny chełmiński w dniu 7.04.1282 r. pod nieobecność biskupa, podpisany przez proboszcza Gottfrieda i sołtysa Jana Fleminga. Otrzymali oni pole Marim w pobliżu Pieniężna nad Wałszą, które zapewne był dawniej własnością ich rodu. Osada w wieku XIV przyjęła później nazwę Perwilty (Perwilten) od innego Prusa o imieniu Prewylten, który został właścicielem tej ziemi. Właśnie z tych przywilejów chełmińskich poznajemy nazwiska pierwszych księży, kanoników, urzędników biskupich, ale również ważniejszych mieszkańców Braniewa i okolic. Oprócz często wymienianych braci biskupa, są to: Johann Bruland być może pierwszy wójt, Werner z Rusin, czyli kompan Jana Fleminga jeszcze z 1246 r. oraz jego syn Otto von Russen. I inni jak: Nycolaus von Wildenberg, Heinrich von Hunderthusen, Kristian von Kalkstein, Johann von Cowal, Heinrich von Syne, Gerko von Brezg itd. W zamian za duże nadania i służbę u biskupa w okolicach Braniewa osiedlali się też rycerze, jak: Rupert, który otrzymał 100 łanów w Chruścielu, czy Dietrich von Ulsen z nadaniem 100 łanów w Henrykowie.
Biskup Henryk Fleming po sporze z kapitułą warmińską w 1288 r. wydzielił domenę kapitulną, czego w sumie dokonał biskup Anzelm jeszcze w 1277 r. dzieląc dominium warmińskie, w tym 2/3 domena biskupa (Braniewo, Orneta, Lidzbark, Dobre Miasto, Jeziorany, Reszel i Barczewo) i 1/3 domena kapitulna (Frombork, Pieniężno i Olsztyn). W 1296 r. biskup wbrew woli mieszkańców i naruszając przywilej lokacyjny sprowadził i osiedlił w Braniewie franciszkanów, którzy zajęli teren poza miastem (w północno-zachodniej części miasta osiądą dopiero w 1330 r.). W 1298 r. biskup popadł w ostry konflikt z mieszczanami braniewskimi w związku z tym wyjechał do Niemiec. Do miasta nie powrócił, został pochowany w 1300 r. w katedrze fromborskiej.
Biskup wśród wielu nadań co nie powinno specjalnie dziwić zadbał również o swoje rodzeństwo, bowiem w 1286 r. przyznał braciom Janowi i Albertowi oraz siostrze Walpurgis 12 łanów ziemi w Klejnowie. Z kolei w 1289 r. Jan Fleming otrzymał od biskupa 100 łanów w Osetniku, natomiast 110 łanów w Ełdytach otrzymała siostra Walpurgis z mężem Konradem Wendenpfafe. Ich syn Henryk Wendepfaffe został pierwszym sołtysem Jezioran. W tym samym 1289 r. również 110 łanów w Bażynach otrzymuje Albert Fleming, a kolejne 34 łany w Szalmi. Bodajże najstarszy brat Gerhard Fleming otrzymał 8 łanów w Sądkowie (Sankau) i 46 łanów w Krzywcu. Z kolei najbardziej zasłużony dla powstania Braniewa, najstarszy brat Jan Fleming po raz ostatni wymieniony jest w 1294 r. Pod koniec życia zrzekł się stanowiska sołtysa odsprzedając swoje uprawnienia i najprawdopodobniej osiadł w podbraniewskim Klejnowie. Miał dwoje dzieci: córka Geza z Pokarewen otrzymała majątek Robuzy, a syn Albert dobra w Lejławkach. Bracia zdaje się umierali w przybliżonym czasie, bowiem Gerhard ostatni raz wzmiankowany jest w 1297 r., a Albert w 1298 r. Zasługi lubiczanina Jana Jakuba Fleminga dla powstania miasta Braniewa i jego rozwoju są bezsporne. Mimo pierwszego niepowodzenia podjął się w zasadzie budowy nowego miasta w innym niż pierwotnie miejscu. Jego zasługi najlepiej opisał i potwierdził młodszy brat, biskup warmiński Henryk I Fleming, który w akcie potwierdzającym nadanie praw miejskich Braniewu wydanym w dniu 1.04.1284 r. uznaje jego wielki wkład w rozwój diecezji, podkreślił liczne i trudne wysiłki podjęte w interesie dominium oraz dodaje, ze był pierwszą osobą, która osiedliła się w mieście całkowicie zniszczonym przez pogan. Trzeba przyznać, że Flemingom którzy poświęcili swoją energię i środki w służbie miasta i biskupstwa zwróciły się wieloletnie wyrzeczenia, które zaowocowały powstaniem Braniewa i rozwojem dominium warmińskiego. Dodać należy, że kupieckie rodziny Fleming i von Ulsen zajmujące się handlem dalekomorskim, dzięki posiadanym kapitałom przyczyniły się do utworzenia w Braniewie ośrodka handlowego i portowego. W efekcie w połowie XIV wieku Braniewo jako jedyne miasto warmińskie i jedno z kilku miast pruskich przystąpi do Hanzy.
Następcą i III biskupem warmińskim został Eberhard z Nysy (1301-1326), który przebywał w Braniewie od 1284 r. gdzie był proboszczem parafii św. Katarzyny, sprawując również wiele innych urzędów, bowiem od 1287 r. był kanonikiem warmińskim, a od 1289 r. kantorem kapituły. Jego największą zasługą dla Braniewa jest rozbudowa zamku biskupiego, przez co w latach 1301-1320 stał się on zamkiem dwuczłonowym. Jednak przede wszystkim nadał prawa miejskie Fromborkowi, Pieniężnu, Lidzbarkowi, Ornecie i Dobremu Miastu oraz założył wiele nowych wsi, przyczyniając się do dalszego rozwoju dominium. Prawdziwą próbę przeżył w 1311 r., gdy Warmia doświadczyła straszliwego najazdu Litwinów pod wodzą Wietenesa. Dotarł on do Braniewa, ale umocnionego miasta (było otoczone fosą oraz częściowo murem obronnym, a częściowo palisadami) nie próbował zdobywać. Eberhard z Nysy pochowany został w katedrze fromborskiej i pozostaje jedynym proboszczem parafii św. Katarzyny, który osiągnął godność biskupa warmińskiego. Dodać należy, że pierwsza drewniana zabudowa Braniewa spłonęła w dużej części podczas wielkiego pożaru w 1330 r., co w znacznym stopniu zmieniło wygląd miasta. W zamku braniewskim urzędowali kolejni biskupi warmińscy, tj. Jordan (1327-1328) i Henryk Wogenap (1329-1334), który rozpoczął budowę ceglanej katedry we Fromborku. Do 1340 r. Braniewo było stolicą biskupstwa warmińskiego i siedzibą biskupów, a decyzję o przeniesieniu siedziby biskupstwa do Ornety podjął biskup Herman z Pragi (1337-1349). Przeniesienie siedziby biskupów było spowodowane rozrastaniem się dominium na południe oraz ciągłymi konfliktami z mieszczanami braniewskimi. Jednak mimo utraty „stołeczności” Braniewo pozostało największym i najbogatszym miastem warmińskim. W ciągu 100 lat od pojawienia się Krzyżaków i kilkudziesięciu lat od nadania praw miejskich miasto okrzepło, stało się ważnym ośrodkiem handlowym i gospodarczym, a co najważniejsze bronionym przez silne fortyfikacje pozwalające na utrzymanie tego stanu rzeczy przez kolejne wieki.
Źródła: S. Achremczyk. Warmia. Olsztyn 2011.; S. Achremczyk, A. Szorc. Braniewo. Olsztyn 1995.;L.Z. Niekrasz. Gdzie jesteś Prūsai?. Warszawa 2012.; E. Christiansen. Krucjaty północne. Poznań 2012. ; W. Gieszczyński, N. Kasperek. Wielkie wojny w Prusach. Działania militarne między Wisłą a Niemnem na przestrzeni wieków. Dąbrówno 2010. ; W. Urban. Krzyżacy. Historia działań militarnych. Warszawa 2007.; Dzieje Warmii i Mazur w zarysie. Tom 1. Od pradziejów do 1870 roku. Warszawa 1981.; M. Biskup. Rozwój przestrzenny miasta Braniewa. Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 1,3-18. Olsztyn 1959.; T. Narbutt. Dzieje starożytne narodu litewskiego: Mytologia litewska. Tom 1. Wilno 1835.; S. Zajączkowski. Podbój Prus i ich kolonizacja przez Krzyżaków. Toruń 1935.; K. Kwiatkowski. Wojska Zakonu Niemieckiego w Prusach 1230-1525. Toruń 2016.; F. Buchholz.Braunsberg im Wandel der Jahrhunderte (Festschrift von Stadjubiläum 1934). Braunsberg 1934.; V. Röhrich. Geschichte des Fürstbistums Ermland. Braunsberg 1925.; V. Röhrich. Die Kolonisation des Ermlandes. ZGAE nr 20. Braunsberg 1899.; M. Perlbach. Preussische Regesten bis zum Ausgange des Dreizehnten Jahrhunderts. Königsberg 1876.; www.encyklopedia.warmia.mazury.pl www.prusowie.plwww.historia-wyzynaelblaska.plwww.czachorowski.blox.pl